Последний раздел музейного комплекса – это музей подводного флота и водолазного дела Республики Татарстан. Особенностью данного раздела является то, что он выполнен в виде отсеков подводной лодки и каждому отсеку соответствует определенная тематика – История подводного флота России, Памяти АПЛ «Курск», Шефские связи Республики Татарстан, Водолазное дело и История Музейного комплекса. Вход в музей осуществляется через переборочную дверь, привезенную с подводной лодки. На карте мирового океана, которая выполнена в виде панно на одной из стен музея, обозначены флота России, боевые пути подводных лодок, места трагедий и катастроф.
Особое место занимает материал по истории шефских связей Республики Татарстан и города Казани над подводными кораблями Северного морского флота. Документы, фотографии, экспонаты, сувениры позволяют сделать вывод об укреплении и расширении сотрудничества города Казани и Республики Татарстан с кораблями ВМФ.